Einer der wichtigsten Wirkmechanismen von EM in der Gewässersanierung ist deren Einfluss auf das mikrobielle Milieu und die Sauerstoffbedingungen im Sediment. Damit steht und fällt der Erfolg der EM-Technologie.

Die im Sediment gekippter Gewässer lebenden Mikroben remineralisieren abgestorbene Biomasse und arbeiten aerob. Sie entziehen dem Wasser also Sauerstoff. Belastete Gewässer leiden daher besonders in den tieferen Schichten an einem Sauerstoffmangel. Das verdrängt aerob lebende Kleinstlebewesen, die für ein gesundes Wassermilieu unerlässlich sind.

Stattdessen setzen sich zunehmend fermentaktive Fäulnisbakterien durch, die das weiterhin anfallende organische Material anaerob verarbeiten. Dabei entstehen ätzende Alkalien, Methan und Ammoniak. Zudem nehmen Oxidationsprozesse stark zu. Während nützliche Mikroorganismen unter diesen Bedingungen kaum Überlebenschancen haben, fühlen sich schädliche Mikrobenarten in dieser Umgebung wohl.

Fermentationsprozesse laufen außerdem rund zwanzigmal langsamer ab als die aerobe Verstoffwechselung von Biomasse. So verbleibt ein wesentlicher Teil der Masse am Grund, was langfristig zu einer Verlandung des Gewässers führt. Die Folge ist ein ökologisches Ungleichgewicht, das sich u.a. in Form von Algenbildung, wachsendem Sediment, Fischsterben und stechenden Gerüchen an der Oberfläche zeigt.

Genau hier setzen EM an. Die Besonderheit liegt in der Kombination aus aerob und anaerob arbeitenden Mikroorganismen, die gemeinsam in anaeroben, stark oxidativen Zonen wirken, Sauerstoff produzieren und einander erhalten können.