Das mechanische Ausbaggern stellt die herkömmliche Gewässersanierungs-Methode dar. Dabei handelt es sich um einen stark invasiven Eingriff, der das Boden- und Wasserleben nachhaltig zerstört. Es dauert Jahre, bis sich das Biotop davon erholt hat.

Die vermeintlich schnellen Erfolge sind daher i.d.R. nur von kurzfristiger Dauer. Denn das durch diese Methode nachhaltig geschwächte Gewässer-Milieu ist nicht stabil genug, um positive Veränderungen zu erhalten. Das Ausbaggern stellt nur eine Symptombehandlung dar, statt die eigentlichen Ursachen anzugehen.

Die EM-Technologie arbeitet indessen umweltfreundlich und in Einklang mit der Natur. Sie schafft optimale Bedingungen für gesunde Gewässerkreisläufe. Effektive Mikroorganismen beseitigen das Problem ursächlich und sorgen für nachhaltige Erfolge.

Die Verschmutzungen und Disbalancen von Gewässern bauen sich über Jahre und Jahrzehnte hinweg auf. Diese auf natürliche Weise abzubauen, bedarf einer längerfristigen Umsetzung. Effektive Mikroorganismen sollten allerdings nicht als dauerhafte Kompensation
gekippter Gewässer verstanden werden. Vielmehr begleiten Effektive Mikroorganismen den Übergang zu einem inhärent-stabilen
System, das sich langfristig eigenständig erhalten kann.

Bei einer Behandlung über Jahre hinweg schneidet die EM-Technologie immer noch als die deutlich günstigere Methode ab. Anders als beim Ausbaggern werden keine schweren Geräte benötigt, für die eigens eingerichtete Baustraßen notwendig sind und die zudem das Gelände um die Gewässer herum schädigen. Auch die teure Entsorgung stark stinkender oder belasteter Sedimente entfällt mit EM.

Die Gewässersanierungs-Methoden wirken sich außerdem unterschiedlich auf das Klima aus. Die organischen Lebewesen im Boden und im Wasser speichern einen Großteil des weltweiten CO₂-Aufkommens. Nachhaltig gestärkte und gesunde Gewässer nehmen also mehr Kohlenstoff auf und helfen so beim Klimaschutz.